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发票开具内容为“运费”和”代理运费”的区别有：
1、所属的增值税征管行业不同
运费，对应的行业界定是运输业;
代理运费，对应的行业界定是商务服务业。
2、税率不同
根据2019年4月1日国家税务总局出台的最新增值税税率表来进行比较。
运费，一般纳税人税率为9%，小规模纳税人征收率为3%;
代理运费，一般纳税人税率为6%，小规模纳税人征收率为3%。
扩展资料：
自2019年4月1日起，增值税一般纳税人（以下称纳税人）发生增值税应税销售行为或者进口货物，原适用16%税率的，税率调整为13%；原适用10%税率的，税率调整为9%。
增值税发票开具运费，都是营改增的发票项目，主要是指单位和个人从事的交通运输业的。具体包括陆路运输服务、水路运输服务、航空运输服务、邮政普遍服务。
而代理运费，属于物流辅助服务，是货物运输代理的服务。这类单位和个人自己没有船或者飞机等运输工具，或者没有对应的运输公司、航空公司，都是货代。职责是把委托者委托的货物，通过指定的运输途径，从一地运往另一地。
参考资料：
运输费税率9%还是6%
自2019年4月1日起，一般纳税人适用9%税率的行业和应税行为如下：
一、交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权；
二、销售或者进口下列货物，税率为9%：
粮食等农产品、食用植物油、食用盐；
自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；
图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；
饲料、化肥、农药、农机、农膜；
国务院规定的其他货物。
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运输费税率为9%。
运输费增值税税率为9%，这一税率主要适用于交通运输服务，包括陆路运输、水路运输、航空运输、管道运输以及无运输工具承运业务等。此外，邮政服务如邮政普通服务、邮政特殊服务和其他邮政服务也适用9%的税率。这些服务通常涉及特殊性较高的货物运输，需要采取特定措施，因此税率相对较高。与之相比，6%的税率一般适用于服务业的普通运输，如普通货物的物流配送和快递服务。对于运输公司而言，在开具运输发票时，需要根据货物种类和服务类型选择正确的税率，以避免税务风险。
运输费的税收管理：
1、税收征管法规：明确规定了税收征管的法律法规，包括税率的设定、纳税申报、税款缴纳等；
2、纳税人资格：界定了哪些企业或个人需要缴纳运输费税款，以及如何认定纳税人资格；
3、税收优惠政策：介绍了针对特定行业或地区的税收优惠措施，以及如何申请这些优惠；
4、税务登记程序：描述了纳税人进行税务登记的流程，包括所需材料和登记的有效期限；
5、税收违法行为处理：阐述了对于逃税、漏税等违法行为的处罚措施和处理程序。
综上所述，交通运输服务如陆路、水路、航空、管道运输及无运输工具承运业务和邮政服务均适用9%的增值税税率，这反映了这些服务在运输特殊货物时所需采取的特定措施和相对较高的成本，而相对普通的服务业运输如物流配送和快递服务通常适用6%的税率，运输公司需依据服务类型和货物种类准确开票以规避税务风险。
法律依据：
《中华人民共和国增值税暂行条例》
第二条
增值税税率：（一）纳税人销售货物、劳务、有形动产租赁服务或者进口货物，除本条第二项、第四项、第五项另有规定外，税率为17%。（二）纳税人销售交通运输、邮政、基础电信、建筑、不动产租赁服务，销售不动产，转让土地使用权，销售或者进口下列货物，税率为11%：1.粮食等农产品、食用植物油、食用盐；2.自来水、暖气、冷气、热水、煤气、石油液化气、天然气、二甲醚、沼气、居民用煤炭制品；3.图书、报纸、杂志、音像制品、电子出版物；4.饲料、化肥、农药、农机、农膜；5.国务院规定的其他货物。
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