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机构名称 职能介绍 深圳市药品监督执法监察大队 承担组织协调药品、医疗器械、保健食品和化妆品市场的稽查执法、案件办理等工作，牵头查处大要案及跨区域案件。 深圳市药品监督管理局直属分局 一、负责本辖区内贯彻、执行国家、省、市关于药品、医疗器械、保健品、化妆品监督管理的法律法规。 二、负责对辖区内药品、医疗器械生产、经营和使用单位依法进行监督检查；负责对辖区内保健品和化妆品生产、经营单位依法进行监督检查。 三、受理辖区内有关药品、医疗器械、保健品、化妆品违法违规案件的举报、投诉，负责对辖区内制造、销售、使用假劣药品、医疗器械、保健品和化妆品等案件的查处。 四、负责监督辖区内药品、医疗器械、保健品和化妆品广告。 五、负责辖区内药品、医疗器械、保健品、化妆品监督抽样及相关信息的采集工作。 六、承办市局交办和委托的其他工作。 深圳市药品监督管理局宝安分局 一、负责本辖区内贯彻、执行国家、省、市关于药品、医疗器械、保健品、化妆品监督管理的法律法规。 二、负责对辖区内药品、医疗器械生产、经营和使用单位依法进行监督检查；负责对辖区内保健品和化妆品生产、经营单位依法进行监督检查。 三、受理辖区内有关药品、医疗器械、保健品、化妆品违法违规案件的举报、投诉，负责对辖区内制造、销售、使用假劣药品、医疗器械、保健品和化妆品等案件的查处。 四、负责监督辖区内药品、医疗器械、保健品和化妆品广告。 五、负责辖区内药品、医疗器械、保健品、化妆品监督抽样及相关信息的采集工作。 六、在辖区内依法行使食品安全管理的综合监督职责，组织协调辖区内有关部门承担的食品安全监督工作；依法组织协调开展对辖区内重大食品安全事故的查处工作；在区政府和市食品药品监督管理局的领导下，组织协调辖区内食品安全专项执法监督活动；组织协调和配合辖区内有关部门开展食品安全应急救援工作。 七、承办市局交办和委托的其他工作。 深圳市药品监督管理局龙岗分局 一、负责本辖区内贯彻、执行国家、省、市关于药品、医疗器械、保健品、化妆品监督管理的法律法规。 二、负责对辖区内药品、医疗器械生产、经营和使用单位依法进行监督检查；负责对辖区内保健品和化妆品生产、经营单位依法进行监督检查。 三、受理辖区内有关药品、医疗器械、保健品、化妆品违法违规案件的举报、投诉，负责对辖区内制造、销售、使用假劣药品、医疗器械、保健品和化妆品等案件的查处。 四、负责监督辖区内药品、医疗器械、保健品和化妆品广告。 五、负责辖区内药品、医疗器械、保健品、化妆品监督抽样及相关信息的采集工作。 六、在辖区内依法行使食品安全管理的综合监督职责，组织协调辖区内有关部门承担的食品安全监督工作；依法组织协调开展对辖区内重大食品安全事故的查处工作；在区政府和市食品药品监督管理局的领导下，组织协调辖区内食品安全专项执法监督活动；组织协调和配合辖区内有关部门开展食品安全应急救援工作。 七、承办市局交办和委托的其他工作。 深圳市药品检验所（加挂“深圳市医疗器械检测中心”牌子） 一、承担核定的药品抽样任务。 二、承担药品标准的制定、修订和药品新产品、医院新制剂的质量技术复核工作。 三、开展药品检验、药品质量等有关方面的科研工作。 四、指导本市药品生产、经营、使用单位质量检验机构的业务技术工作；协助解决技术疑难问题，培训有关技术和管理人员。 五、医疗器械、药用包装材料质量的检验和委托检验。 深圳市药品行业特有工种职业技能鉴定站（加挂“深圳市药品医疗器械评价中心”牌子） 一、负责全市药品行业从业人员的培训、技能鉴定、资质档案管理； 二、承担已上市药品、医疗器械再评价； 三、监测药品、医疗器械的不良反应； 四、评估新药品、医疗器械的安全性有效性； 五、开展药品、医疗器械生产经营信息咨询服务； 六、承办市局交办和委托的其他工作。
2009年8月，根据经中央编委和广东省委省政府批准的《深圳市人民政府机构改革方案》组建而成的行政机关。
改革的目的：贯彻大部制改革思路，理顺市场监管体制。为了解决工商行政管理、质量技术监督部门职能交叉、职责不清的问题，同时为加强商标、版权和专利以及食品安全等执法监督，充分发挥整合优势，有力保护知识产权，强化食品安全监管责任，本次机构改革将工商行政管理局、质量技术监督局、知识产权局的职责，以及卫生局餐饮环节的食品安全监管职责整合划入市场监督管理局。机构改革后，深圳市不再保留工商行政管理局（物价局）、质量技术监督局和知识产权局。
机构改革后，深圳市市场监督管理局成为深圳继公安局之后的第二大部门，其监管职责涵盖了原工商行政管理、质量技术监督、知识产权（商标、专利、版权）、物价、餐饮监管（其他地区属于食品药品监督管理局或者卫生局的职能）、酒类产品监管等部门职责。
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